1、痛經：這為主要癥狀，為繼發性且逐年加重，但也有少數病人無明顯的痛經。異位的子宮內膜受卵巢激素的作用，與正常子宮內膜有同樣的周期性變化，月經后半期，異位的內膜高度增厚充血，子宮內膜異位瘤內壓力逐漸增加，行經時經血聚積囊內，使囊壁承受的壓力驟然增加而引起疼痛。
因此，子宮內膜異位癥痛經的特點多從月經前甚至周期后半期開始，持續整個月經期至月經后數日消失。疼痛部位多在下腹正中，或偏于一側，病變浸及子宮直腸。月經過多，月經血量多，也是臨床常見癥狀之一，一般月經周期規律表現為經血過多或帶經日久。
2、卵巢子宮內膜囊腫：囊壁較脆缺乏彈性，經血逐漸聚積，囊內壓力不斷增高，內容物可自囊壁的薄弱部位潰破，溢入腹腔刺激腹膜，引起腹膜炎，出現急腹癥。
3、不孕：約30-70% 子宮內膜異位癥患者伴有不孕癥，在原因不明的不孕癥患者中大約70-80%的患者伴有子宮內膜異位癥，患者常因盆腔器官粘連，使輸卵管蠕動受阻或輸卵管堵塞等機械因素導致不孕，亦可能為卵巢功能不全，自身免疫反映增強，前列腺素增加，泌乳素增高等因素有關。
4、性交痛：子宮直腸窩陰道后穹隆，宮骶韌帶等部位的子宮內膜異位癥均可發生性交痛，而且常于月經前較為明顯。
